Hướng dẫn bổ sung tờ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC từ ngày 01/07/2026

Từ ngày 01/7/2026, Thông tư 89/2026/TT-BTC đã hướng dẫn chi tiết bổ sung tờ khai thuế trong nhiều trường hợp phát sinh sai sót đồng thời ban hành Mẫu 01/KHBS áp dụng thống nhất trong toàn ngành thuế. Bài viết dưới đây của iHOADON tổng hợp nguyên tắc khai bổ sung theo từng trường hợp, cách điền Mẫu 01/KHBS và mức xử phạt khi chậm nộp hồ sơ.

1. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế là gì?

Khai bổ sung hồ sơ khai thuế được thực hiện khi nào?

Khai bổ sung hồ sơ khai thuế là thủ tục người nộp thuế thực hiện bổ sung thêm hồ sơ khi phát hiện hồ sơ đã nộp và được cơ quan thuế chấp nhận có sai sót, thiếu chính xác so với thực tế phát sinh.

Tùy theo từng sắc thuế và thời điểm phát hiện sai sót, cách thức thực hiện bổ sung hồ sơ khai thuế sẽ khác nhau. Nắm vững các nguyên tắc áp dụng cho từng trường hợp giúp doanh nghiệp, hộ kinh doanh điều chỉnh số liệu chính xác, tránh phát sinh thêm rủi ro về xử phạt và tiền chậm nộp.

2. Nguyên tắc khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Nguyên tắc khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

2.1 Khai bổ sung hồ sơ khai thuế khi chưa hoặc đã nộp quyết toán thuế

Đối với các khoản thuế phải quyết toán theo năm, việc khai bổ sung phụ thuộc vào việc người nộp thuế đã nộp hồ sơ quyết toán hay chưa. 

- Trường hợp chưa nộp quyết toán thuế: Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ của tháng hoặc quý có sai sót, đồng thời tổng hợp số liệu điều chỉnh vào hồ sơ quyết toán. 

- Trường hợp đã nộp quyết toán thuế: NNT chỉ cần khai bổ sung hồ sơ quyết toán, trừ trường hợp khai bổ sung quyết toán thuế TNCN của tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công vốn có quy định riêng.

2.2 Khai bổ sung quyết toán thuế TNCN đối với tổ chức trả thu nhập

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định riêng đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công khi phát hiện sai sót trong hồ sơ quyết toán thuế TNCN.

Khi khai bổ sung hồ sơ quyết toán, người nộp thuế đồng thời phải khai bổ sung hồ sơ của quý có sai sót tương ứng, không phân biệt đã nộp hay chưa nộp hồ sơ quyết toán. Quy định này nhằm bảo đảm số liệu giữa hồ sơ khai theo quý và hồ sơ quyết toán năm luôn thống nhất.

2.3 Hướng dẫn khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT

Đối với sắc thuế giá trị gia tăng (GTGT), Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn nhiều tình huống khai bổ sung tương ứng với từng trường hợp phát sinh cụ thể:

2.3.1 Trường hợp chỉ làm tăng số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau

Nếu việc điều chỉnh chỉ làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển sang kỳ sau, người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ có sai sót và kê khai số điều chỉnh tăng vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

2.3.2 Trường hợp làm giảm số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau

Cách xử lý phụ thuộc vào việc doanh nghiệp đã đề nghị hoàn thuế hay chưa. 

+ Nếu chưa đề nghị hoàn thì chỉ cần lập hồ sơ khai bổ sung và kê khai số điều chỉnh giảm vào chỉ tiêu "Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước" trên tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.

+ Nếu đã đề nghị hoàn nhưng chưa được hoàn, thuộc diện hủy hồ sơ, thì phải gửi văn bản đề nghị hủy, đồng thời kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn. Nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ, số thuế điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

+ Nếu đã được hoàn theo diện hoàn trước thì phải khai bổ sung giảm số đề nghị hoàn, tăng số thu hồi hoàn và nộp lại kèm tiền chậm nộp. Trường hợp đủ điều kiện khấu trừ, số thuế điều chỉnh giảm tiếp tục được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

2.3.3 Trường hợp làm thay đổi số thuế GTGT phải nộp

+ Nếu vừa làm giảm số thuế được khấu trừ vừa làm tăng số thuế phải nộp, người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung và nộp phần thuế tăng thêm cùng tiền chậm nộp. Phần thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

+ Nếu làm giảm số thuế phải nộp và tăng số thuế được khấu trừ, phần thuế nộp thừa được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định. Số thuế GTGT được khấu trừ tăng thêm được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

2.3.4 Xử lý khai bổ sung khi đồng thời tác động đến tờ khai 01/GTGT và 02/GTGT 

Thông tư 89/2026/TT-BTC có hướng dẫn cụ thể đối với các trường hợp việc khai bổ sung làm thay đổi số liệu trên cả tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT và mẫu số 02/GTGT. 

Một số trường hợp điển hình gồm:

- Việc điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh, dẫn đến thay đổi số thuế GTGT được bù trừ liên quan đến dự án đầu tư.

- Việc điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư, từ đó phát sinh thêm số thuế GTGT phải nộp và khoản tiền chậm nộp theo quy định.

- Trường hợp phát hiện sai sót trên tờ khai mẫu số 02/GTGT sau thời điểm dự án đầu tư đã hoàn thành, người nộp thuế không thực hiện khai bổ sung đối với tờ khai 02/GTGT. Thay vào đó, việc điều chỉnh được thực hiện trực tiếp trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ phát hiện sai sót theo hướng dẫn của cơ quan quản lý thuế.

2.3.5  Những trường hợp không phải lập hồ sơ khai bổ sung thuế GTGT

Theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, không phải mọi thay đổi liên quan đến số thuế GTGT đều yêu cầu người nộp thuế thực hiện khai bổ sung.

Cụ thể, đối với trường hợp doanh nghiệp được chuyển giao số thuế GTGT còn được khấu trừ từ đơn vị khác do thực hiện chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc, thì không phải nộp hồ sơ khai bổ sung đối với kỳ tính thuế đã kê khai trước đó.

Căn cứ vào Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế do cơ quan thuế ban hành, doanh nghiệp thực hiện kê khai số thuế được chuyển giao vào chỉ tiêu “Thuế GTGT nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được thông báo.

3. Hướng dẫn điền Mẫu 01/KHBS - biểu mẫu khai bổ sung áp dụng thống nhất từ 01/7/2026

Hướng dẫn điền chỉ tiêu cơ bản trên mẫu 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Từ ngày 01/7/2026, mẫu tờ khai bổ sung được áp dụng thống nhất là Mẫu 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, dùng để người nộp thuế kê khai khi phát hiện sai sót trên hồ sơ đã được cơ quan thuế chấp nhận. 

Biểu mẫu 01/KHBS bao gồm các thông tin sau đây:

+ Kỳ tính thuế

+ Loại tờ khai được khai bổ sung

+ Mã giao dịch điện tử của hồ sơ có sai sót

+ Số lần khai bổ sung

+ Số thuế phải nộp

+ Số thuế được khấu trừ

+ Số thuế đề nghị hoàn hoặc thu hồi hoàn sau điều chỉnh

+ Tiền chậm nộp phát sinh (nếu có).

>>> Tải ngay Mẫu 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC TẠI ĐÂY

Hướng dẫn điền chỉ tiêu trên mẫu 01/KHBS

- Chỉ tiêu [01]: Ký hiệu mẫu biểu

+ Ghi ký hiệu mẫu biểu của tờ khai thuế cần khai bổ sung.

- Chỉ tiêu [02]: Mã giao dịch điện tử

+ Ghi mã giao dịch điện tử của tờ khai lần đầu có sai sót và đã được gửi đến Cơ quan thuế.

- Chỉ tiêu [04]: Số lần khai bổ sung

+ Thể hiện thứ tự lần khai bổ sung của hồ sơ thuế so với tờ khai lần đầu đã được cơ quan thuế thông báo chấp nhận.

Cách xác định các chỉ tiêu tại Phần A

Phần A dùng để xác định chênh lệch nghĩa vụ thuế sau khi khai bổ sung so với hồ sơ đã được cơ quan thuế chấp nhận trước đó.

Nguyên tắc xác định như sau:

- Khai bổ sung lần 1: So sánh với tờ khai lần đầu của cùng kỳ tính thuế.

- Khai bổ sung lần 2 trở đi: So sánh với lần khai bổ sung liền kề trước đó.

Ngoài ra, các chỉ tiêu được xác định theo Phụ lục 01-1/KHBS:

- Chỉ tiêu [10] + [11] = Chỉ tiêu [07] của Phụ lục 01-1/KHBS.

- Chỉ tiêu [12] = Chỉ tiêu [08] của Phụ lục 01-1/KHBS.

- Chỉ tiêu [13] = Chỉ tiêu [09] của Phụ lục 01-1/KHBS.

Cách kê khai Phần B về thu hồi hoàn thuế

Phần B chỉ áp dụng khi người nộp thuế tự phát hiện số thuế đã được hoàn không đúng quy định và phải hoàn trả ngân sách nhà nước.

Khi kê khai cần lưu ý:

- Xác định số tiền thu hồi hoàn trên cơ sở chênh lệch giữa lần khai bổ sung với hồ sơ được chấp nhận trước đó.

- Trường hợp có nhiều Quyết định hoàn thuế hoặc Lệnh hoàn thuế thì kê khai thành nhiều dòng tương ứng với từng khoản phải thu hồi.

- Chỉ tiêu [14] được xác định theo quy định tại Điểm b, Khoản 1, Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

4. Chậm nộp hồ sơ khai thuế bị xử phạt thế nào?

Không phải mọi trường hợp chậm nộp hồ sơ khai thuế đều bị xử phạt bằng tiền. Theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, hành vi nộp hồ sơ quá thời hạn từ 01 đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ sẽ chỉ bị phạt cảnh cáo. 

Để được áp dụng hình thức này, người nộp thuế phải đáp ứng đồng thời hai điều kiện: 

+ Nộp chậm từ 01 đến 05 ngày

+ Có ít nhất một tình tiết giảm nhẹ theo quy định pháp luật. 

Nếu không đáp ứng đủ, hoặc chậm nộp quá 05 ngày, người nộp thuế sẽ bị xử phạt bằng tiền theo mức tương ứng.

Cần lưu ý, việc khai bổ sung không đồng nghĩa với được miễn xử phạt. Nếu khai bổ sung sau thời hạn nộp hồ sơ hoặc làm phát sinh số thuế phải nộp tăng thêm, người nộp thuế vẫn phải thực hiện nghĩa vụ xử phạt và tiền chậm nộp (nếu thuộc trường hợp áp dụng) theo quy định.

Thông tư 89/2026/TT-BTC đã hướng dẫn cụ thể cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế cho từng sắc thuế, đồng thời ban hành Mẫu 01/KHBS áp dụng thống nhất từ ngày 01/7/2026. Người nộp thuế cần xác định đúng trường hợp phát sinh sai sót và sử dụng đúng biểu mẫu quy định để bảo đảm hồ sơ đầy đủ, chính xác, hạn chế rủi ro về xử phạt và tiền chậm nộp.

Đăng ký dùng thử miễn phí hóa đơn điện tử iHOADON TẠI ĐÂY

✅ iHOADON chuyên gia cao cấp về hóa đơn điện tử

✅ Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn miễn phí: 

- Miền Bắc: Hotline: 19006142 - Tel/Zalo: Ms. Hằng  0911 876 893  /  Ms. Yên 0914 975 209 

- Miền Nam: Hotline: 19006139 - Tel/Zalo: Ms Thơ 0911 876 900/ Ms. Thùy 0911 876 899 

iHOADON chuyên gia cao cấp về hóa đơn điện tử

HopLTT